Acidobacteria Cavalier-Smith 2002 - kwasolubne bakterie glebowe
Actinobacteria (Stackebrandt i inni, 1997) Cavalier-Smith 2002 - Gram-dodatnie bakterie glebowe
Aquificae Reysenbach 2002 - termofilne chemolitotrofy
Bacteroidetes - różnorodna grupa bakterii pasożytniczych, symbiotycznych i wolnożyjących
Chlamydiae Jones 1945 - chlamydie, bezwzględne pasożyty komórek eukariotycznych
Chlorobi Cavalier-Smith 2002 - zielone bakterie siarkowe
Chloroflexi Garrity and Holt 2001 - zielone bakterie bezsiarkowe
Chrysiogenetes Garrity and Holt 2001 - chemolitotrofy
Cyanobacteria (Stanier 1974) Cavalier-Smith 2002 - sinice, bakterie fotosyntetyzujące
Deferribacteres Garrity and Holt 2001 - beztlenowe bakterie wodne
Deinococcus-Thermus Schwartz, 1998 - ekstremofile
Dictyoglomi Saiki et al. 1985 - termofilne chemoorganotrofy
Fibrobacteres Montgomery et al. 1988 - celulolityczne, beztlenowe bakterie żołądkowe
Firmicutes Gibbons & Murray, 1978 - różnorodna grupa pospolitych bakterii
Fusobacteria - beztlenowe heterotrofy, często pasożytnicze
Gemmatimonadetes Zhang i inni, 2003 - Gram-ujemne, tlenowe, pałeczki
Lentisphaerae Cho i inni, 2004
Nitrospira syn. Nitrospirae - Gram-ujemne bakterie utleniające związki azotu
Planctomycetes Schlesner i Stackebrandt 1987, syn. Planctobacteria Cavalier-Smith 2002 - planktobakterie, pozbawione ściany komórkowej, pączkujące
Proteobacteria (Stackebrandt i inni., 1986) Garrity i inni, 2005 - proteobakterie, duża grupa Gram-ujemnych mikroorganizmów
Spirochaetes Cavalier-Smith, 2002 - krętki, syn. Spirochaetae, chemoheterotrofy o spiralnej formie
Thermodesulfobacteria Garrity i Holt, 2001 - termofilne bakterie redukujące siarczany
Thermomicrobia Garrity i Holt, 2001 - termofilne chemoheterotrofy
Thermotogae Reysenbach, 2001 - termofilne, względnie beztlenowe
Verrucomicrobia Hedlund et al. 1998 - bakterie zamieszkujące środowisko wodne, glebowe i układu pokarmowego