Wirusy dzieli się na zwierzęce i roślinne, albo ze względu na ich wielkość na:

• wirusy duże (150-300 nm)
  • pokswirusy
• wirusy średnie (50-150 nm)
  • herpeswirusy
  • adenowirusy
• wirusy małe (zwierzęce 20-50 nm)
  • pikornawirusy
  • parwowirusy

Ze względu na organizację materiału genetycznego dzieli się wirusy na:

• RNA-wirusy (w tym retrowirusy)
  • wirusy z pojedynczą nicią o dodatniej polaryzacji ssRNA(+)
    • pikornawirusy
    • kalicywirusy
    • astrowirusy
    • togawirusy
    • flawiwirusy
    • koronawirusy
  • wirusy z pojedynczą nicią o ujemnej polaryzacji ssRNA(-)
    • bornawirusy
    • ortomyksowirusy (osiem identycznych nici)
    • paramyksowirusy
    • rabdowirusy
    • arenawirusy (dwie identyczne nici)
  • wirusy o podwójnej nici dsRNA
    • reowirusy
• DNA-wirusy (np.:  bakulowirusy, herpeswirusy, adenowirusy, poliomawirusy, papillomawirusy, pokswirusy, parwowirusy i hepadnawirusy)

Ze względu na organizm gospodarza wyróżniamy

• wirusy roślinne - są to RNA wirusy
  • mozaikowatość liści tytoniu
  • mozaikowatość pomidora
  • mozaikowatość lucerny
  • karłowatość pomidora i ziemniaka
• wirusy zwierzęce - RNA lub DNA wirusy
  • wścieklizna
  • pryszczyca
  • nosówka
  • cholera świń
  • trzęsawka owiec
  • flaszeria jedwabników
  • choroba woreczkowa pszczół
• wirusy ludzkie - RNA, DNA wirusy lub retrowirusy
  • ospa wietrzna
  • półpasiec
  • opryszczka
  • odra
  • różyczka
  • grypa
  • świnka
  • żółtaczka
  • odkleszczowe wirusowe zapalnie mózgu
  • gorączka krwotoczna (wirus Ebola)
  • AIDS
• bakteriofagi - są to głównie DNA wirusy