Najstarsze odciski komórek prokariotycznych datowane są na 3,1 - 3,5 mld lat. Znaleziono je np. w australijskich i południowoafrykańskich skałach. Namacalnymi dowodami są stromatolity znajdowane w Australii, Kanadzie, USA, są to biogenne skały osadowe, zbudowane z cienkich warstw organizmów (głównie cyjanobakterii i CaCO₃. Występują w postaci warstw, izolowanych lub połączonych ze sobą kopułowatych forma wzrostowych oraz form poligonalnych o laminach ugiętych miseczkowato.

Pierwsze bakterie zostały zaobserwowane w roku 1676 przez Antona von Leeuwenhoeka, używającego własnoręcznie skonstruowanego mikroskopu. Nazwa bakteria została wprowadzona znacznie później, przez Christiana Ehrenberga w 1828 roku, od greckiego słowa ????????? (bakt?rion) - "pałeczka".

Bakteriami zajmuje się mikrobiologia oraz jej wyspecjalizowany dział - bakteriologia. Bakterie odgrywają pożyteczną ekologicznie rolę w obiegu biogennych pierwiastków.

Bakterie, podobnie jak pozostałe komórki prokariotyczne, wykazują zwykle niewielkie rozmiary. Typowa komórka bakteryjna ma zwykle średnicę ok. 1 ?m (tj. 10^-6m), przy długości nie przekraczającej 5 ?m. Spotyka się jednak również bakterie o mniejszych wymiarach, np. wiele ziarniaków ma średnicę 0,5 ?m, a z drugiej strony znane są również prawdziwe giganty. Największym znanym obecnie gatunkiem bakterii jest Thiomargarita namibiensis (siarkowa perła Namibii), której komórka może mieć długość nawet 2 mm.